参考题目介绍

题目名称

人肺腺癌蛋白质组数据集重新分析及解读

作品形式

论文报告

赛题简介

肺癌是我国乃至全世界发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。肺腺癌的早发现、早诊断、早治疗对于改善患者的预后具有至关重要的意义。蛋白质是所有生命功能的直接执行者，也几乎是所有药物的作用靶点。绘制肺腺癌人群蛋白质分子全景图谱，对于肺腺癌病理机制的深入认识，疾病诊断生物标志物与药物治疗靶点的发现，以及实现更精准的肺腺癌分子分型和治疗方案的制定等具有重大科学意义。在《Integrative Proteomic Characterization of Human Lung Adenocarcinoma》（Cell. 2020 Jul 9;182(1):245-261.e17.）研究工作中，研究人员对103例中国肺腺癌患者来源的癌组织和癌旁组织进行了全面的蛋白质组分析，通过蛋白质表达谱和磷酸化修饰谱的深度解析，共鉴定到11,119个蛋白产物和22,564个磷酸化修饰位点，同时整合临床信息和基因组特征数据分析，深度构建了基于蛋白质组的肺腺癌分子图谱全景。进一步，研究人员基于蛋白质组数据分层分析揭示了与不同临床和分子特征相关的三种亚型（S-I型、S-II型和S-III型）。结合磷酸化修饰谱数据分析揭示不同亚型群体间激酶活性的特征，为肺腺癌的更精准分型和治疗提供依据。通过对潜在预后标志物HSP 90β进行较大规模的独立人群血浆样本确证，发现其蛋白质浓度与肺腺癌不良预后密切相关。这些研究结果为肺腺癌的病理机制解析、精准诊断及治疗提供了重要科学线索和理论支撑。

本赛题基于上述研究发布的肺腺癌蛋白质组表达谱数据集进行系统性重新分析和解释，了解肺腺癌样本蛋白质定性和定量的表达特征，重现研究论文部分重要结论，证实科学研究发现的稳健性；尝试使用新的组学数据分析方法、技术或者工具，提出补充性分析结果，揭示原始研究中未被发现的生物学信息或模式，拓展肺腺癌蛋白质组数据资源应用的广度和深度。

是否为本届新题

是

配套数据资源介绍

数据资源名称

人肺腺癌蛋白质组表达谱数据集

数据内容介绍

包括样本临床信息，蛋白质组表达谱原始数据及鉴定蛋白列表

数据规模

1. 样本临床信息：excel文件（111KB），103例肺腺癌患者的临床信息；

2. 蛋白质组表达谱原始数据：2139个文件（2005.57GB），包括质谱原始数据，初始搜库结果列表及fasta数据库文件；

3. 蛋白质组表达谱鉴定蛋白列表：excel文件（46.56MB），11119个蛋白质及在各样本中的定量列表。

网站链接

1. 样本临床信息下载链接：

Table S1中的“Table S1A. Clinical characteristics of 103 LUAD patients.”

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30676-0#supplementaryMaterial

2. 蛋白质组表达谱原始数据下载链接：

https://www.iprox.cn//page/subproject.html?id=IPX0001804001

3. 蛋白质组表达谱鉴定蛋白列表下载链接：

Table S4.中的“Table S4A. A list of protein groups and their relative intensities (quantile normalized) in 103 LUAD samples.”

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30676-0#supplementaryMaterial

联系方式

单位

国家蛋白质科学中心（北京）

联系人

王雪

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