参考题目介绍

题目名称

人肝癌蛋白质组数据集重新分析及解读

作品形式

论文报告

赛题简介

肝细胞癌是全球癌症死亡的第三大原因。肝癌对中国人的威胁又尤为巨大，全球每年一半以上的肝癌新发和死亡病例，都发生在中国。感染乙型肝炎病毒是发生肝细胞癌的主要危险因素之一，尤其是在东亚。尽管手术治疗在早期阶段可能是有效的，但发展为这种癌症后的五年总生存率仅为50-70%。在《Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma》（Nature. 2019 Mar;567(7747):257-261.）研究中，科研人员使用蛋白质组学和磷酸蛋白质组学分析对与乙型肝炎病毒感染相关的临床早期肝细胞癌样本进行了表征，包括110个配对肿瘤和非肿瘤组织。定量蛋白质组学数据强调了早期肝细胞癌的异质性：研究人员利用这一数据将临床队列分为S-I、S-II和S-III亚型，每种亚型都有不同的临床结果。其中，第一类患者仅需手术，要防止过度治疗；第二类患者则需要手术加其他的辅助治疗，而第三类患者占比30％，术后发生复发转移的危险系数最大。科研人员发现在第三类患者的蛋白质组数据里，胆固醇代谢通路发生了重编程，其中侯选药靶胆固醇酯化酶的高表达具有最差的预后风险。通过抑制候选药靶——胆固醇酯化SOAT1，能减少细胞质膜上的胆固醇水平，有效抑制肿瘤细胞的增殖和迁移。科研人员进一步研究发现，SOAT1的一种小分子抑制剂“阿伐麦布”在肝癌患者的人源肿瘤异种移植模型上表现出良好的抗肿瘤效果，表明“阿伐麦布”有望成为治疗预后较差肝细胞癌患者的潜在靶向治疗药物。本研究中提出的早期肝细胞癌的蛋白质组分层提供了对这种癌症肿瘤生物学的深入了解，并为针对其的个性化治疗提供了机会。

本赛题基于上述研究发布的肝癌蛋白质组表达谱数据集进行系统性重新分析和解释，了解早期肝细胞癌样本蛋白质定性和定量的表达特征，重现研究论文部分重要结论，证实科学研究发现的稳健性；尝试使用新的组学数据分析方法、技术或者工具，提出补充性分析结果，揭示原始研究中未被发现的生物学信息或模式，拓展肝癌蛋白质组数据资源应用的广度和深度。

是否为本届新题

是

配套数据资源介绍

数据资源名称

人肝癌蛋白质组表达谱数据集

数据内容介绍

包括样本临床信息，蛋白质组表达谱原始数据及鉴定蛋白列表

数据规模

1. 样本临床信息：pdf文件（235KB），110例肝癌患者的临床信息；

2. 蛋白质组表达谱原始数据：2555个文件（1676.8GB），包括质谱原始数据和初始搜库结果列表；

3. 蛋白质组表达谱鉴定蛋白列表：excel文件（17.4MB），9252个蛋白质及在各样本中的定量列表。

网站链接

1. 样本临床信息下载链接：Supplementary Table 1，

https://www.nature.com/articles/s41586-019-0987-8#Sec47.

2. 蛋白质组表达谱原始数据下载链接：

https://www.iprox.cn//page/subproject.html?id=IPX0000937001.

3. 蛋白质组表达谱鉴定蛋白列表下载链接：Source Data Extended Data Fig. 2中的“SD.ED.Fig2a”，

https://www.nature.com/articles/s41586-019-0987-8#Sec48.

联系方式

单位

国家蛋白质科学中心（北京）

联系人

王雪

联系电话

010-61777053/18310733182

联系邮箱

wx82923@126.com